Utiliser le génie génétique pour quantifier l’étendue de l’épistasie génomique
Chez Escherichia coli entre des souches évoluées de laboratoire et des isolats naturels.
Responsabilité scientifique :
- TENAILLON Olivier 1,
- NGHE Philippe 2,
Axes de recherche :
Partenariat :
- ESPCI
1. INSERM — UMR1137 Unité / Equipe : Infections Antimicrobial Modelling Evolution I Quantitative Evolutionary Microbiology
2. Ecole Supérieure de Physique Chimie Industriel – UMR 8231 ESPCI-CNRS Unité / Equipe : Laboratoire de Biochimie
Ce projet de thèse a pour objectif d’utiliser des techniques innovantes de génie génétique et d’analyses haut débit (recombineering. CRISPR-Cas9, séquençage haut débit, microfluidique en gouttelettes) pour quantifier les interactions génomiques, ou épistasie génomique, chez Escherichia coli en utilisant des souches de laboratoires et des isolats naturels.
L’analyse des recombinants construits permettra de quantifier l’émergence de ces interactions génomiques, leurs bases moléculaires et leur impact sur l’organisation du génome et sur la structuration en phylo-groupes de l’espèce.
Nous nous focaliserons particulièrement sur le phylo-groupe B2, dont on ne connait pas les déterminants génomiques alors qu’il devient un problème de santé publique majeur en raison de sa prévalence croissante en portage commensal, de sa forte virulence extra-intestinale et de sa résistance croissante aux antibiotiques.